【一級・二級・木造建築士試験】国土交通省告示で規定する「必修科目」と指定科目確認申請書に記載する「必修・選択」の「必修」は同義ですか？

同義ではありません。

告示で規定する「必修科目」は、建築士の受験資格を得るために所定の単位数を履修する必要がある国土交通大臣が指定する建築に関する科目を指すものであり、一方、申請書に記載する「必修・選択」は、当該科目が大学、短大、高専、高校等のカリキュラム（教育プログラム）において、卒業するための要件としての必修科目か選択科目かを指すものです。

したがって、卒業するための要件としての「選択科目」は指定科目の対象としないことを意味するものではなく、所定の基準を満たすことが指定科目確認審査委員会等において確認されれば、指定科目となります。